メッセージウィンドウとコマンドウィンドウは半透明になり、より洗練された画面構成になりました。

旧『MAID iN HEAVEN』では一日の終わりにしかセーブできませんでしたが、今回セーブ・ロードはいつでもどこでも可能になっています。

セーブデータはひとつの日記帳につき10個ずつ持つことができます。ゲーム中で日記帳を手に入れることにより、多くのセーブデータを保持することができるようになります。
各セーブデータには日付やパラメータなどのほか、サムネイルやプレイヤーのコメントなども保存される親切設計です。

メッセージスキップは既読・未読を自動判別し、未読部分では止まるようになりました。
また、クリックなしでのメッセージの自動進行、メッセージログなども実装されました。

メッセージログ画面では、名前の横のスピーカーボタンで該当メッセージの音声を再生することができます。

音声は主人公も含めフルボイス。
ゲーム中では「主人公以外」「なぎさのみ」など細かく設定できます。

シーン回想モードは「特別なＨ」と「いつものＨ」に分かれ、いずれも特定のシーンを通過することで自動的に記録されます。
同じシーンでも、１回目と２回目のパラメータの違いによる文章の違いなどを考慮し、２回目は別のデータとして記録されます。

アイテムに名前を付けることのできる機能は健在。
キーボードでの入力に対応しました（環境によってはキーボード入力ができない場合がありますが、その場合は旧版と同様の方法で入力できます）。

ゲームに使用するフォントはプレイヤーが選択出来ます（ご使用のＰＣにインストールされている等幅フォントのみです）。